Учёный совет – выборный представительный орган – осуществляет общее руководство деятельностью института. Положение об учёном совете разработано на основании Федерального закона от 29 декабря 2012 года (ред. от 27.12.2019) № 273-ФЗ «Об образовании в Российской Федерации», Устава ОЧУ ВО «ММА» и утверждено на ученом совете 17.12.2019 года. В состав учёного совета вошли: ректор, проректоры, деканы факультетов, заведующие кафедрами, ведущие преподаватели, среди которых: 6 докторов наук, 6 кандидатов наук; из них два почетных работника высшего профессионального образования.